Batou comienza sus actividades en la Unidad de Intervención Blindada bajo el mando de Motoko. Su primera misión es la investigación de un atentado terrorista durante una reunión secreta de una empresa de abastecimiento de agua. También tiene lugar una explosión en una presa, de cuya investigación se encarga Togusa. Detrás de ambos incidentes planea la sombra de Scylla, líder de la guerrilla separatista qhardi al que se creía muerto.

Kusanagi se entera a través de Paz, agente infiltrado de la Policía Militar, de que las minas terrestres móviles proceden del Área de Maniobras 6. Batou los oye entre las sombras y se dirige allí. En el lugar se encuentran con Togusa, detective de la policía de Niihama que también está investigando la muerte de Mamuro. Paz los rescata de una emboscada y los lleva ante Aramaki.
Cuando empiezan a compartir la información, la verdad se va abriendo paso. A raíz del éxito de la investigación, Aramaki le sugiere a Kusanagi que cree su propia unidad. Un tribunal militar condena a muerte al coronel Kazuya Soga por una masacre de refugiados. Batou, Ishikawa y Borma estuvieron en esa operación y el primero se propone demostrar la inocencia de coronel.

Batou recibe una petición personal de Niloy, expresidente de la República de Kuzan, para que sea su guardaespaldas en las negociaciones con el anciano jefe qhardi con vistas a la construcción de una planta de micromáquinas descontaminadoras que traerá la paz y la prosperidad a ambos países. Batou se dirige a Kuzan con Borma e Ishikawa y allí se ven las caras con un guerrillero local, Maruka, un joven al que crio Batou como si fuera un hijo. Maruka planea asesinar a Niloy y, cuando Batou trata de impedirlo, Maruka le revela un hecho impactante.

El presunto responsable de siete atentados con bomba por todo el mundo se encuentra en la lista de la CIA de los terroristas más buscados. Han aparecido imágenes de su entrada de incógnito a Japón. Las cámaras de seguridad lo grabaron comprando glicerina para uso industrial en el mercado negro.Después de eso, su rastro se pierde.
¡Averiguar el paradero de ese criminal tiene prioridad absoluta!
*Spin-off de Ghost in the Shell, manga reeditado en marzo de 2017.
*Película de Paramount estrenada en cines en marzo, protagonizada por Scarlett Johansson.
*Seinen o manga adulto. Miniserie de 3 entregas.

La unidad de Batou pone a salvo al ministro de Asuntos Exteriores de la República de Kuzan, pero se produce un golpe de estado y son bombardeados por aviones del ejército golpista. Batou se salva, pero pierde a sus hombres y Kusanagi queda seriamente dañada en la escaramuza.
La intentona golpista es sofocada y, con el fin del conflicto armado, Batou regresa a Japón. Una familia. Por otro lado, el teniente coronel Mamuro es hallado muerto. Todo parece indicar que Kusanagi se encuentra detrás de ambos asesinatos y Batou se pone a investigar con la ayuda de sus compañeros Borma e Ishikawa

Durante una manifestación en contra de un acuerdo para el suministro de agua, los antidisturbios empiezan a disparar de forma indiscriminada contra los manifestantes, y la doctora Thied, presente en la celebración del acuerdo, también resulta tiroteada. La culpa es de Fire Starter, un virus que manipula los recuerdos. En medio del caos, la unidad de Motoko arresta a una joven llamada Emma Tsuda. El Ministerio de Defensa ordena a la Sección 9 que se la entregue a la Unidad 501, pero resulta estar bajo las órdenes de Kurtz e investigaba a un hacker llamado "Espantapájaros", responsable del ataque a Harimadara. Además, el cuerpo prostético de Emma no solo alberga su ghost, sino también el de Brinda Junior, el Espantapájaros. Brinda Junior había sido fichado por la coronel Hozumi con el objetivo de atacar a la facción nacional, partidaria del desarrollo de armas dentro del país, y también a la Unidad 501.

El presunto responsable de siete atentados con bomba por todo el mundo se encuentra en la lista de la CIA de los terroristas más buscados.Han aparecido imágenes de su entrada de incógnito a Japón.Las cámaras de seguridad lo grabaron comprando glicerina para uso industrial en el mercado negro.Después de eso, su rastro se pierde.
¡Averiguar el paradero de ese criminal tiene prioridad absoluta!